Haplogrupa D jedna je od najstarijih očinskih linija izvan Afrike i pripada veoma ranom sloju muških migracija modernih ljudi kroz Aziju. Njene najstarije grane vjerovatno su se razvijale u širokom prostoru istočne, centralne i jugoistočne Azije, nakon čega su pojedine linije ostale geografski vrlo udaljene jedna od druge. Danas je haplogrupa D posebno poznata po izoliranim i duboko razdvojenim granama među populacijama Tibeta, Japana, Andamanskih ostrva i pojedinim srednjoazijskim grupama, što ukazuje na veoma staro i složeno širenje ove haplogrupe. Među primarnim mutacijama koje je karakterišu je CTS3946.
Testirani bošnjački rodovi ove haplogrupe pripadaju grani Y15407 i njenoj podgrani P99. One su ogranci haplogrupe D koja je formirana na području jugoistočne ili centralne Azije prije 45.000 godina. Ova haplogrupa je vrlo je rijetka na Balkanu i u Evropi. Područje Tibeta je vjerovatno područje s kojeg se mogla odvijati njena ekspanzija prema zapadu. Svi testirani bošnjački rodovi ove haplogrupe vuku porijeklo iz sjevernog Sandžaka. Ispod grane Y15407 nalaze se Ćatović i Čavić iz Novog Pazara, dok je niža podgrana Y4813 testirana kod Mujagića iz Sjenice i neimenovanog roda iz Prijepolja. Ova podgrana je pronađena i u pojedinačnim uzorcima testiranih Tatara iz Rumunije, Krima i Turske, te dalje u Kazahstanu, a svi dijele zajedničkog pretka u zadnjih 1.550 godina. Najvjerovatnije je prepostaviti da su preci ovih bošnjačkih rodova došli na Balkan za vrijeme Osmanskog carstva. To se moglo dogoditi direktno iz Male Azije, iz Krimskog kanata koji je bio vazalna država Osmanskog carstva, ili kasnije iz Ugarske s iseljavanjem muslimanskog stanovništva nakon austrijsko-turskih ratova krajem 17. stoljeća.
