Haplogrupa C jedna je od najstarijih očinskih linija izvan Afrike i vjerovatno se vrlo rano razvijala u širokom prostoru južne, jugoistočne i istočne Azije nakon ranih migracija modernih ljudi iz Afrike. Njene starije grane su se tokom paleolita širile prema istočnoj Aziji, Sibiru, Oceaniji i dijelovima centralne Azije, pri čemu su neke linije ostale vrlo rijetke i geografski razuđene. Rani razvoj ove haplogrupe odvijao se kroz šire azijske grane, naročito kroz haplogrupu C2 i njenu sjevernu podgranu L1373, iz koje će se kasnije izdvojiti M48.
Testirani bošnjački rodovi koji pripadaju haplogrupi C nalaze se ispod njene mutacije M217 i njene grane L1373. Ova grana L1373 (C2a) nastala je iz haplogrupe C2 prije nekih 34.000 godina. Naziva se „sjevernom“ granom svog prethodnika, haplogrupe C2. Nalazimo je u populacijama od Centralne Azije do Sibira i američkog kontinenta, a nešto rjeđe u susjednim područjima kao što su Istočna Azija, Bliski Istok i Istočna Evropa. Njenoj podgrani F3447 pripada i drevni uzorak sa obala rijeke Selenge u ruskoj pokrajini Burjatiji, na granici s Mongolijom, a datira u vijreme od prije 14.000 godina. Testirani Bošnjaci pripadaju njenoj daljoj podgrani M48, poznatoj i kao C2a1a2. M48 je najviše zastupljena među današnjim narodima Tunguzije, ali je nalazimo i u Mongoliji, Alšinima u zapadnom Kazahstanu, među mongolskim Kalmicima u pokrajini Kalmikiji kod Kaspijskog jezera, kao i među izoliranim slučajevima u Turskoj.
U okviru ove haplogrupe, testirano je šest bošnjačkih rodova iz srednjeg Polimlja u Sandžaku. Ispod grane M217 nalazi se Planić iz Prijepolja (Planići inače nisu jednorodni i veći dio njih ima haplogrupu E). Nizvodno ispod mutacije M48 nalaze se Halilović iz Prijepolja i Banda iz Bijelog Polja. Nešto niže ispod Y12792, testirani su Striković i još dva neimenovana roda iz Prijepolja. Najrecentnija mutacija Y258405 u ovom filogenetskom stablu, stara svega 900 godina, utvrđena je kod Bećirovića iz Bijelog Polja. Na istoj grani nalazi se i jedan testirani Turčin iz Turske. Iako je ova grana mogla doći i ranije, npr. s Hunima u 5. ili s Mađarima u 9. ili 10. stoljeću, zbog njihovog odsustva među ostalim narodima Balkana, za pretpostaviti je da su preci ovih rodova na današnje područje došli s Osmanlijama.
